La crescita dei traffici nel porto di Civitavecchia, soprattutto quello crocieristico in occasione del Giubileo, impone la realizzazione di strutture ricettive e la riqualificazione del porto storico.
Il Piano Operativo Triennale prevede investimenti per oltre cinquecento miliardi: trecento per la razionalizzazione e la valorizzazione del porto commerciale e turistico, altri duecento destinati alla Darsena Petroli.

Obiettivo dell'Autorità Portuale è il recupero del porto storico. Le funzioni commerciali saranno spostate nella parte settentrionale del porto e verrà alleggerito il traffico di autoveicoli e treni che transiteranno per il centro cittadino. Saranno costruite banchine per ulteriori 1500 m destinate alle navi mercantili. 
La prima banchina destinata all'ormeggio polivalente, sarà ricavata all'interno della diga foranea. Si prevede inoltre il prolungamento della diga e la costruzione di una nuova banchina commerciale con una area di circa 500.000 mq dei quali 25.000 mq saranno destinati a servizi ed uffici.
I Silos verranno spostati nella zona adibita al traffico commerciale ed al loro posto sorgerà la nuova Stazione Marittima. Le zone del porto storico saranno destinate esclusivamente all'attracco delle navi da crociera e ai collegamenti con le isole.

Il Forte Michelangelo, Splendido esempio di architettura rinascimentale, avrà una funzione complementare alla nuova Stazione Marittima. Anche le Ferrovie saranno coinvolte nella realizzazione del porto.
Si prevede il completamento del ramo nord ed il collegamento fra il porto e la linea Roma-Livorno; il recupero e il riutilizzo delle aree occupate da binari dismessi; la riqualificazione della stazione ferroviaria della città; la programmazione di servizi fra Civitavecchia e Roma per collegamenti frequenti anche con treni veloci; una piattaforma logistica al servizio del nuovo terminal multipurpose.