La prima denominazione della città come "Centocelle" compare in una lettera di Plinio il Giovane, in cui lo scrittore racconta di essere stato chiamato a consiglio dall'imperatore Traiano "presso Centocelle".
Questo nome (che taluni fanno derivare da un edificio o magazzino fornito di numerosi ambienti, costruito comunque in epoca più tarda) è probabilmente riferito alla serie di piccole insenature che, interrompendo la costa rocciosa, fornivano alle navi tanti sicuri approdi.
L'appellativo forse preesisteva agli interventi di Traiano; l'imperatore si fece costruire una villa, di cui generalmente si identifica il luogo sul panoramico colle del Belvedere (un Km ad est della città attuale) e dette l'avvio ai lavori del porto.

Traiano immaginò questo approdo come il vero "porto di Roma", dal momento che si era rivelato insufficiente e tecnicamente non felice il porto di Ostia alla foce del Tevere, sul quale pure Traiano intervenne creando il bacino interno esagonale.

La testimonianza di Plinio continua con la descrizione del cantiere del porto che si vede dalla villa dell'imperatore; il braccio sinistro è già compiuto, e si sta lavorando sul destro, mentre all'imboccatura del porto si costruisce, con la tecnica dell'affondamento di zattere cariche di massi, una barriera artificiale che spezzi la furia del mare aperto.
"Col tempo - aggiunge Plinio- a tutti sembrerà che là si sia formata naturalmente un'isola".

Costruito nel 106 d.C. forse dal celebre architetto Apollodoro, il nuovo porto divise con Ostia e Anzio la funzione di centro di rifornimento di Roma, meno favorito tuttavia rispetto agli altri per la maggior distanza dalla città. Esso divenne perciò in un primo tempo soprattutto una base per la flotta imperiale da guerra.

Si attribuisce ad Apollodoro la studiata forma del porto, che sarà anche integrato da una veste architettonica di pregio, con edifici e statue. Per effetto di questa impresa la zona, che era già stata abitata in epoca etrusca, andò popolandosi e si rese necessaria la costruzione di un aquedotto.

L'imperatore Adriano portò a compimento molte iniziative intraprese da Traiano, completò il porto, potenziò le Terme Taurine. Più tardi, Rutilio Namaziano descriverà efficacemente il porto come "anfiteatro acqueo concluso da moli, di cui un'isola artificiale protegge gli angusti accessi".